El sistema sanitario comprende los sectores público y privado. El sector público incluye el Ministerio de Salud y el Instituto Salvadoreño del Seguro Social, que juntos cubren a la mayor parte de la población salvadoreña. La cobertura nacional de los servicios esenciales para 2019 se estimó en un 76%.
El gasto público en salud representó el 4,7% del PIB, por debajo del 6% que recomienda la Organización Panamericana de la Salud (OPS), y el 17,4% del gasto público total para 2019. El gasto de bolsillo en salud equivalía al 33% del gasto sanitario total en 2020, lo que es relativamente alto y supera la referencia del 20% de la OPS. El gasto sanitario catastrófico para 2018 se estimó en el 1,7%.
