Le système de santé comprend le secteur public et le secteur privé. Le secteur public comprend le ministère de la Santé et l’Institut salvadorien de sécurité sociale, qui couvrent ensemble la majeure partie de la population salvadorienne. La couverture nationale des services essentiels pour 2019 a été estimée à 76 %.
Les dépenses publiques de santé représentent 4,7 % du PIB, ce qui est inférieur aux 6 % recommandés par l’Organisation panaméricaine de la santé (OPS), et 17,4 % des dépenses publiques totales pour 2019. Les dépenses de santé à la charge des patients représentaient 33 % des dépenses totales de santé en 2020, ce qui est relativement élevé et dépasse le seuil de 20 % recommandé par l’OPS. Les dépenses de santé catastrophiques pour 2018 ont été estimées à 1,7 %.