Система здравоохранения включает в себя государственный и частный секторы. Государственный сектор включает в себя Министерство здравоохранения и Сальвадорский институт социального обеспечения, которые вместе охватывают большую часть населения Сальвадора. Национальный охват основными услугами на 2019 год оценивается в 76%.
Государственные расходы на здравоохранение составляют 4,7% от ВВП, что ниже 6%, рекомендуемых Панамериканской организацией здравоохранения (ПАОЗ), и 17,4% от общих государственных расходов на 2019 год. Расходы на здравоохранение из собственных средств составят 33% от общих расходов на здравоохранение в 2020 году, что является относительно высоким показателем и превышает контрольный показатель ПАОЗ в 20%. Катастрофические расходы на здравоохранение в 2018 году оценивались в 1,7%.
