Национальный фонд здравоохранения был создан Декретом № 64.867 от 24 июля 1969 г., чтобы быть финансовым администратором средств, предназначенных для Единой системы здравоохранения.
Национальный фонд здравоохранения является финансовым распорядителем средств, предназначенных для финансирования текущих и капитальных расходов Министерства здравоохранения, других учреждений, организаций и органов, входящих в единую систему здравоохранения Бразилии.
Его миссия заключается в том, чтобы способствовать укреплению гражданственности путем постоянного улучшения финансирования мероприятий в области здравоохранения.