Бюджет Интегральной системы страхования здоровья (SIS) должен иметь внутренние и внешние источники финансирования для обеспечения его устойчивости во времени и выполнения той миссии, ради которой он был создан. К ним относятся обычные средства из общего бюджета республики, непосредственно собранные средства, полученные в результате функционирования СИС, средства от пожертвований и безвозмездных взносов правительств, агентств международного сотрудничества, а также взносы частных лиц, государственных или частных учреждений, средства, перечисляемые Фондом нематериальной солидарности в области здравоохранения.