Le budget du Seguro Integral de Salud (SIS) doit disposer de sources de financement internes et externes pour assurer sa viabilité dans le temps et remplir la mission pour laquelle il a été créé. Il s’agit des ressources ordinaires du budget général de la République, des ressources directement collectées générées par le fonctionnement du SIS, des ressources provenant de dons et de contributions non remboursables de gouvernements, d’agences de coopération internationale, ainsi que de contributions de particuliers, d’institutions publiques ou privées, et des ressources transférées par le Fonds intangible de solidarité pour la santé.