Este plan estratégico permite establecer prioridades institucionales que se formulan y actualizan en el marco del Presupuesto Nacional y las rendiciones de cuentas. La Oficina de Planeamiento y Presupuesto es la encargada de la planificación estratégica de la institución para cumplir con su Misión, su Visión y sus cometidos fundamentales; conteniendo los objetivos planificados por unidades ejecutoras, los productos esperados y las metas a alcanzar. Está formado por varios documentos que se encuentran y pueden ser descargados en la página del Ministerio de Salud Pública bajo el título de Plan Estratégico.