La fuente principal de financiamiento del Programa Nacional de Inmunización (PNI) en Colombia son los impuestos generales, aunque también se tienen aportes limitados del nivel sub-nacional para la gestión del programa. El Ministerio de Salud y Protección Social gestiona todas las adquisiciones del PNI utilizando el Fondo Rotatorio de la Organización Panamericana de la Salud para adquirir vacunas por sus bajos precios y facilidad de uso, en lugar de negociar precios con múltiples fabricantes. Los departamentos y municipios se encargan de la ejecución del programa y las Entidades Promotoras de Salud reembolsan la prestación de este servicio.