El Plan Estratégico Institucional 2019-2023 fue el resultado de un proceso colaborativo que tuvo una visión de trabajo multi-sectorial. Está alineado con las políticas y compromisos nacionales e internacionales asumidos por la República del Paraguay. Los tres objetivos institucionales que se plantean son: i)Fortalecer la rectoría y la gobernanza; ii) Avanzar hacia la cobertura y el acceso universal de los servicios de salud, y iii) Fortalecer el proceso de gestión institucional.